在《日语学习笔记：五十音》中整理了需要特别注意其罗马字的拗音，其中列出「しゃ的罗马字是 sha」，但是最近在做笔记过程中发现，不管是使用「sha」还是「sya」，都可以输入「しゃ」，那到底哪个才是正确的呢？
Google 到这个问答，其中最高票的回答指出：对于「しゃ」这个假名，「ヘボン式」的罗马字是「sha」，「日本式」和「訓令式」是「sya」，哪种都没错，学校里教的是「訓令式」，而街上较常见的是「ヘボン式」。
http://www.tcct.zaq.ne.jp/nitta/monolog/028/hep_kun_jap.html
ヘボン式では"sha"、日本式と訓令式では"sya"です。
どちらも間違いではありません。
学校では訓令式が教えられますが、街角でよく見かけるのはヘボン式です。
ヘボン式 ＶＳ 訓令式
「ヘボン式」对应的英文是 Hepburn 式，也称为平文式、赫本式。赫本式是基于英语及拉丁语的音韵规则发展而来，因此更适合于母语非日语人士（尤其是西方人士）使用。赫本式是目前最流行的日语罗马化方案。
「訓令式」是日本内阁以训令的形式颁布的一套日语罗马化方案，在日本文化部批准的小学中教授。训令式是在「日本式」的基础上发展而来的，因此相对赫本式来说，训令式与日本式的差异较小。
赫本式与训令式有差异的假名如下（表格中同时列出了平假名和片假名，但文字说明时仅以平假名为例）：
| 平仮名 | 片仮名 | ヘボン式 | 訓令式 |
|---|---|---|---|
| し | シ | shi | si |
| ち | チ | chi | ti |
| つ | ツ | tsu | tu |
| ふ | フ | fu | hu |
| じ | ジ | ji | zi |
| ぢ | ヂ | ji | zi |
| しゃ | シャ | sha | sya |
| しゅ | シュ | shu | syu |
| しょ | ショ | sho | syo |
| ちゃ | チャ | cha | tya |
| ちゅ | チュ | chu | tyu |
| ちょ | チョ | cho | tyo |
| じゃ | ジャ | ja | zya |
| じゅ | ジュ | ju | zyu |
| じょ | ジョ | jo | zyo |
| ぢゃ | ヂャ | ja | zya |
| ぢゅ | ヂュ | ju | zyu |
| ぢょ | ヂョ | jo | zyo |
完整列表请参考 Romanization of Japanese 中的表格。
特殊的假名
从上表可以看出，不管是赫本式还是训令式，じ与ぢ、ず与づ及对应拗音的罗马字都相同，使用某些输入法（比如 iOS 自带日语罗马字输入法）时，使用「ji」或「zi」只能输入「じ」，使用「zu」只能输入「ず」，而要输入「ぢ」或「づ」时，需要按照 JIS X 4063:2000 标准的规定，使用日本式罗马字 di 和 du（重点关注表格的下半部分）：
| 平仮名 | 片仮名 | 入力方式 |
|---|---|---|
| じ | ジ | ji/zi |
| ず | ズ | zu |
| じゃ | ジャ | ja/zya |
| じゅ | ジュ | ju/zyu |
| じょ | ジョ | jo/zyo |
| ぢ | ヂ | di |
| づ | ヅ | du |
| ぢゃ | ヂャ | dya |
| ぢゅ | ヂュ | dyu |
| ぢょ | ヂョ | dyo |
顺便说一句，尽管 JIS X 4063:2000 标准已于 2010 年 1 月 20 日起废止，但仍是事实上的标准。而 iOS 自带的日语罗马字输入法应该是遵循 JIS X 4063:2000 标准的。
外来音假名
对于类似「パーティー」中的「ティ」这样的外来音假名又该如何输入呢？JIS X 4063:2000 标准同样做出了规定，输入「ティ」需要使用「thi」。几个常见的外来音假名输入方法如下：
| 平仮名 | 片仮名 | 入力方式 |
|---|---|---|
| しぇ | シェ | she/sye |
| じぇ | ジェ | je/zye |
| ちぇ | チェ | che/tye |
| ぢぇ | ヂェ | dye |
| つぁ | ツァ | tsa |
| つぇ | ツェ | tse |
| つぉ | ツォ | tso |
| てぃ | ティ | thi |
| でぃ | ディ | dhi |
| でゅ | デュ | dhu |
| ふぁ | ファ | fa |
| ふぃ | フィ | fi |
| ふぇ | フェ | fe |
| ふぉ | フォ | fo |
完整列表请参考ローマ字入力中的表格。
另外，由于外来音假名都是一个大假名紧跟一个小假名，因此可以先输入大假名的罗马字，再输入小假名前缀 x，最后输入小假名的罗马字（此方法同样来自 JIS X 4063:2000 标准）。例如「ティ」可以使用 texi 输入。
实际上，由于假名的罗马字中都不会使用到小写字母 l ，因此在各个输入法的实现中，通常都将小写字母 l 也作为小假名前缀，参见ローマ字入力中的说明。
也就是说，使用 thi、texi、teli 都可以输入「ティ」，其它外来音假名的输入方法类似。
而促音「っ」输入时，需要按照其音韵作用，双写促音后面的假名的首字母。当后面没有假名时，按照普通小假名的规则，使用 xtu/xtsu/ltu/ltsu 中的任一种输入（注：iOS 10.2.1 日语罗马字输入法不支持 ltsu，百度日语输入法 v3.6.1.2 不支持 xtsu）。
总结
对日语罗马字输入时的注意事项总结如下：
- 日语假名的罗马化方案有日本式、训令式、Hepburn 式等，较常见的是 Hepburn 式。
- 输入日语时，遵循 JIS X 4063:2000 标准规定的输入方式。大多数假名输入时既可以使用训令式也可以使用 Hepburn 式。
- 「ぢ」的输入方法是 di，「づ」的输入方法是 du，ぢ行拗音「ぢゃ」、「ぢゅ」、「ぢょ」的输入方法分别是 dya、dyu、dyo。这五个罗马字都是日本式。
- 输入促音时双写后面的假名的首字母，当后面没有假名时使用 x 或 l 前缀输入。
- 外来音中的小假名输入除了使用 x 或 l 前缀之外，还可使用 JIS X 4063:2000 标准中规定的输入方式。
以上。